CSP è organizzato in base a competenze specifiche e gruppi di lavoro che contemplano alcuni ambiti di attività principali, all'interno dei quali si articola l'operatività specifica di aree, gruppi e laboratori. La dimensione collegiale del lavoro, è integrata da partnership con soggetti pubblici e privati e da una forte sinergia con il mondo accademico a livello locale, nazionale e internazionale.
L'organizzazione 2008, a seguito delle deliberazioni del consiglio di amministrazione del 28 gennaio 2008, prevede tre direzioni:

• Direzione generale

Oltre alle tradizionali funzioni di staff rappresentate da affari generali, amministrazione, segreteria, affiancati a marketing e comunicazione, la Direzione Generale svolge il coordinamento dei due programmi strategici dedicati rispettivamente alla “transizione al digitale” e alle “comunità della conoscenza”. La funzione di Gestione del Personale è stata attribuita con responsabilità ad interim al Direttore della Progettazione e Gestione Risorse.

• Direzione Ricerca e Sviluppo

Indaga e studia le tecnologie di base, infrastrutturali e applicative, e i nuovi processi resi percorribili dal loro utilizzo. La Direzione si configura come  un incubatore di attività per “l’applicazione della ricerca” nel senso stretto di luogo in cui, attraverso laboratori tematici, si apprendono i fondamenti scientifici e tecnici delle tecnologie emergenti e si sviluppano attività pratiche calandole in scenari  reali costruiti su “case study” attuali e ipotizzati per il prossimo futuro.
La Direzione è strutturata sulla base di cinque laboratori di ricerca permanenti:

• DTVLab - Digital Television Laboratory (per lo storico sito del DTTLab www.dttlab.it)
  
• SecureLab - ICT Security Laboratory
• InLab - Integrated Networks Laboratory
• W3Lab – World Wide Web Laboratory
• Emsyslab - Embedded Systems Laboratory

• Direzione Progettazione e Gestione Risorse

Si occupa di proporre e coordinare progetti di carattere strettamente tecnologico verso i soggetti locali, nazionali e internazionali del settore pubblico e privato. Il supporto operativo alle altre aree di CSP viene attuato utilizzando le competenze che derivano dalle attività di ricerca dei laboratori, coordinando e gestendo la fase realizzativa dei progetti ed esportando le stesse competenze per la gestione delle infrastrutture tecnologiche di CSP. Tra gli obiettivi, l’incremento dei progetti verso il settore privato, verso i prospect e il rafforzamento dei rapporti con le public utilities,  con competenze che spaziano dalla gestione di Infrastrutture e tecnologie, all'internetWorking, al testing di piattaforme tecnologiche innovative, alla gestione sistemistica alla sperimentazione su Grid e architetture distribuite. Alla Direzione è stato inoltre attribuita la funzione di gestione del Personale.